Année cosmique 71, la guerre entre les Naturels et Coordinateurs dur depuis un an et demi. Sur une colonie spatiale neutre, Kira Yamato, un jeune Coordinateur, vie paisiblement avec ses amis Naturels. Un jour la colonie se fait attaquée par l'armée des Coordinateurs, ZAFT, et apprend qu'en secret prototype de Mobile Suit appartenant l'Alliance Terrienne sont développés ici même. L'armé ZAFT décide de voler tous les Mobiles Suit, mais Kira arrive à en protéger un. L'armé ZAFT n'en restera pas là ...
